Konfiskata mienia i oplombowanie baraku Centrali Krucjaty to nie był koniec prześladowania Sługi Bożego i pracującego z nim zespołu. Równocześnie podobne akcje zostały przeprowadzone w 8 innych miejscach, mogących mieć związek z Centralą.
Pracownice Centrali, wyprowadzone z baraku siłą 29 VIII 1960 r., pozostały bez dachu nad głową, ponieważ za zezwoleniem władz meldunkowych miały swoje mieszkania służbowe w baraku Krucjaty. Zostało również zablokowane konto w PKO, co uniemożliwiło nawet wypłacenie należnej pensji pracownikom. Nastąpiły liczne i męczące przesłuchania ks. F. Blachnickiego i jego współpracowników. 30 VIII referentom diecezjalnym Krucjaty Wstrzemięźliwości oraz proboszczom organizującym w parafii akcje Krucjaty nakazano wstrzymanie działalności i wydanie dokumentów i materiałów.
11 X 1960 r. ks. F. Blachnicki w Krościenku n. Dunajcem napisał "Memoriał w sprawie likwidacji Krucjaty Wstrzemięźliwości" rozsyłając go m.in. do:
- Przewodniczącego Rady Państwa
- Premiera Rządu, Sejmu PRL
- Prokuratora Generalnego w Warszawie
- odpowiednich Ministerstw, Sejmu i Urzędu Spraw Wewn.
- władz kościelnych w osobach Prymasa Polski, Sekretarza Episkopatu Polski i kurii diecezjalnej w Katowicach
- organizacji przeciwalkoholowych.
W 11-stronicowym Memoriale domagał się przywrócenia Krucjaty Wstrzemięźliwości, opisując w jakich okolicznościach i z jakich powodów została ona zlikwidowana.
Udowadnia w nim, że "zarzut, iż Krucjata Wstrzemięźliwości była nielegalną organizacją, nie był powodem, ale tylko pretekstem prawnym likwidacji Centrali Krucjaty." Co prawda "29 sierpnia przedstawiciel Urzędu Kontroli Prasy zakwestionował aż 188 druków będących jego zdaniem wydawnictwami nielegalnymi lub noszącymi cechy nielegalności" jednak tylko 18 z nich "jest takich, które wymagają wyjaśnienia". Pozostałe zaś albo się powtarzają, albo są to "pozycje powielone w Centrali Krucjaty faktycznie zgodnie z obowiązującymi przepisami za zgodą Urzędu Kontroli Prasy", bądź są to "druki nie stanowiące wydawnictw CKW".
Przedstawiał absurd cenzury w ograniczaniu nakładu nawet świeckich, naukowych druków np. o szkodliwości alkoholu dla potomstwa. Wskazywał, że akcja cieszyła by się przychylnością władz komunistycznych, gdyby nie prowadził jej Kościół. Stąd likwidacja była "aktem prześladowania Kościoła katolickiego", co jednak ks. Blachnicki przyjął z radością, ponieważ "męczeństwo dla wierzącego nie jest porażką, ale największym zwycięstwem Boga i człowieka zarazem".
Taka postawa nadprzyrodzona nie wyklucza jednak prawa i obowiązku upominania się o swoje prawa (…) protestuję przeciw naruszeniu wolności religijnej i elementarnych praw człowieka, a domagam się przywrócenia sprawiedliwości.
Protestuję jednak nie tylko jako kapłan i człowiek wierzący:
Jako obywatel polski upominam się o prawa Polaka w Polsce. (…) Nie mogę pogodzić się, aby moja uczciwa i rzetelna służba Polsce, jaka ujawniła się w działalności Krucjaty Wstrzemięźliwości, była potraktowana jako działalność przestępcza dlatego tylko, że spełniałem ją zarazem jako katolik i jako kapłan. (…) Oświadczam, że gdyby obecnie ktokolwiek ośmielił się postawić mnie w roli przestępcy przed jakąkolwiek władzą śledczą czy sądową za to, że ratowałem Polskę od klęski alkoholizmu niosącej jej zagładę – to (…) ani na chwilę nie będę miał wewnętrznej świadomości przestępcy.
W ramach prowadzonego przeciw niemu śledztwu, Sługa Boży był wzywany na przesłuchania i po jednym z nich – 15 III 1961 r. został aresztowany pod zarzutem rozpowszechnienia Memoriału zawierającego "fałszywe i tendencyjne wiadomości o rzekomym prześladowaniu Kościoła w Polsce, czym mógł wyrządzić istotną szkodę interesom Państwa polskiego." Ponadto został oskarżony o unikanie nadzoru cenzury i podrobienie znaków cenzorskich. Na czas aresztu został osadzony w Centralnym Więzieniu Karnym w Katowicach, gdzie w czasie okupacji oczekiwał na wykonanie kary śmierci za walkę o wolną Polskę.
Rozprawa w jego sprawie rozpoczęła się 20 VI 1961 r. przed Sądem Wojewódzkim w Katowicach. Po przesłuchaniu świadków rozprawę odroczono do 11 VII 1961 r. W mowie obronnej ks. F. Blachnicki wyraził przekonanie, iż wyrok skazujący będzie dla niego zaszczytem, zaś im wyższy wyrok otrzyma, tym lepiej dla sprawy, którą reprezentuje. Ostatecznie został zwolniony przez sąd z zarzutu nieposiadania książki kontroli wydawanych tekstów i skazany na okres 10 miesięcy w zawieszeniu do 3 lat, określony jako "fanatyk religijny", który jest zdolny do kolejnych wykroczeń. Jednocześnie sąd przyznał, że działalność KW była pożyteczna dla społeczeństwa.
Po procesie Sługa Boży został zwolniony z więzienia. Chciał pod protekcją kurii diecezjalnej bądź Prymasa wznowić od razu działalność Krucjaty. Nie mogąc jednak oficjalnie prowadzić działalności trzeźwościowej, nie mając czasowo przychylności władz kościelnych ks. F. Blachnicki udał się na studia do Lublina.
Na podstawie A. Wodarczyk. Prorok Żywego Kościoła
F. Blachnicki. Memoriał w sprawie likwidacji Krucjaty Wstrzemięźliwości